Semantic e-Science untuk Biomedicine

BMC bioinformatics telah menerbitkan sebuah supplement dengan issue khusus terkait dengan Semantic e-science for biomedicine. Supplement memuat enam papers yang up-to- date terkait penggunaan “semantic web technologies” pada life-sciences atau biomedicine. Topik-topik meliputi mulai modelling networks sampai ke “traditional Chinese Medicine”.

Salah satu paper yaitu Advancing translational medicine research with the semantic web menyajikan sebuah overview dari “W3C Semantic Web Health Care and Life Sciences Interest Group (HCLSIG)”. Paper ini mendeskripsikan tujuan dari HCLSIG dan sebuah contoh use-case yang mengcover pencapaian dan arah kedepan dari grup. Tidak seperti kebanyakan paper-paper “Semantic Web”, paper-paper menyajikan suatu gambaran dasar yang baik mengenai teknologi dan tantangan semantic web pada biomedicine, dan tidak memproklamirkan untuk menyelesaikan masalah ‘bio-data’ melalui penerapan sebuah set teknologi baru.

Komputasi “general-purpose” pada Substrate Jaringan Semantik

By Marko A. R

Artikelnya membahas seuah model komputasi “general-purpose” pada substrate jaringan semantik. Konsep-konsep yang disajikan dapat diaplikasikan pada berbagai jaringan semantik. Akan tetapi, karena standard dan infrastruktur teknologi ditujukan pada penelitian web semantik, artikelnya lebih diarah dari sudut pandang web semantik. Pada model komputasi yang diusulkan, interface pemrograman aplikasi, program run-time, dan virtual machine komputasi direpresentasikan dalam RDF. Implementasi konsep-konsep menciptkan sebuah paradigma komputasi praktis pada layer representasi web semantik.

paper download here pdf

ConverterToRDF

A Converter to RDF is a tool which converts application data from an application-specific format into RDF for use with RDF tools and integration with other data.Converters may be part of a one-time migration effort, or part of a running system which provides a semantic web view of a given application. See also: ConverterFromRdf

Tools:

BibTex

BibTex is the format for bibliographic references in TeX.

• bibtex2rdf transforms BibTEX files into RDF/XML. (Simile)

• bibtex2rdf - A configurable BibTeX to RDF Converter by Wolf Siberski.

• An online service set up at the Vrije Universiteit in Amsterdam, the Netherlands, following the OntoWeb portal vocabulary. The perl source can also be downloaded.

• Java BibTeX-To-RDF Converter based on the SWRC terminology.

Email (RFC822 headers)

• email2rdf transforms email mbox files into RDF/XML. (Simile)

• aboutMsg.py converts email metadata to RDF. (SWAP)

• SWAML transforms a mailing list into RDF/XML using SIOC.

• Email::MIME::XMTP Perl extension to read and write XMTP

• aperture.sf.net IMAP crawler

Java bytecode

• java2rdf scans java bytecode for method calls and creates a description of the dependencies between classes and the package/archive encoded in RDF/N3. (Simile)

Javadoc

• javadoc2rdf is a doclet that makes javadoc output metadata about your code (structure of the classes, methods, comments, etc.) encoded in RDF/N3. (Simile)

Issue tracking: [http://www.atlassian.com/software/jira/ Jira]

• jira2rdf transforms Atlassian Jira’s events about bug reports and issue tracking into RDF/N3.

JPEG

The metadata within JPEG photo is encoded in the EXIF standard.

• jpeg2rdf scans a folder for JPEG files, parses the EXIF and IPCT metadata found in those files and dumps an RDF/N3 representation of it into a file. (Simile)

• An adapted version of jhead extracts RDF data form the EXIT encoded in JPEG files within a directory. Generates RDF/N3. (SWAP)

LDIF

This is format used for contact information in LDAP server system. It is for example exported by Thunderbird’s address-book.

ldif2n3.py Very incomplete, but useful. Generates foaf. Hides email addresses by hashing in the FOAF style if -m command flag is given. (SWAP)

Other SemanticWeb tools see ESW-WIKI

Seminar Web Semantik

Universitas Gunadarma telah menyelenggarakan seminar 1/2 hari mengenai Web Semantik, selasa, 21 Maret 2007.

Tema Seminar “Moving from Traditional Database to Multimedia and Semantic Web Information”

Pembicara:

1. Prof. Kokou Yetongnon (Semantic in IS: Current Issue and New Trends)
2. Dr. Richard Chbeir (XML Similarity)
3. Lintang Yuniar (LabelMatching)

File prensentasi dapat di DL di http://paperwgdbis.abmutiara.info/seminar_semanticweb_2007/

Web Semantik untuk navigasi kendaraan

In-car navigation systems exist for some time now. But BBC News reports that a new German project, dubbed SmartWeb, will use the semantic web and peer-to-peer networks to interact with drivers. This system, which is currently in its development phase, will use speech recognition and human gestures as interfaces. And it will warn drivers about jams and dangers. For example, a car detecting slippery conditions will pass the information wirelessly to all the vehicles following it. The drivers will be informed via their dashboard screen or a GPS-equipped mobile device.

But the SmartWeb will also transmit other kinds of information to drivers, such as parking availability or speed traps.Before going further, below is a picture showing how a motorbike driver would be informed of a danger ahead by a car in front of him (Credit: Wolfgang Wahlster). This picture has been picked on page 31 of a presentation given by Wahlster at the “50 Years Artificial Intelligence Symposium” held in Bremen, Germany, in July 2006, “Three Decades of Human Language Technology in Germany” (PDF format, 36 pages, 1.72 MB). You also should take a look at page 28 for a picture describing a dashboard interface telling a driver where the next speed traps are.

This project is led by the Deutsche Forschungszentrum für Künstliche Intelligenz (DFKI) — or German Research Center for Artificial Intelligence. You can find more information on the Intelligent User Interfaces page. And here is a link to the official website of the SmartWeb project, led by Professor Wolfgang Wahlster.

Ontology: Matching, Mapping and Alignment

Tutorial:

P. Shvaiko: Ontology Matching, SWAP, 2006.

Abstract: Matching is a key operation for enabling the Semantic Web since it takes as input ontologies, each consisting of a set of discrete entities (e.g., tables, XML elements, classes, properties), and determines as output the relationships (e.g., equivalence, subsumption) holding between those entities. In this tutorial we introduce, via examples, the ontology matching problem and its application domains. We provide a detailed discussion of the techniques used for ontology matching with the help of a classification of matching approaches. We overview state of the art systems in light of the classification presented, indicating which part of the solution space they cover. Finally, we outline future challenges in the field of ontology matching.

N. Noy: Ontology Mapping and Alignment, SSSW, 2005.
Abstract: Ontology mapping, alignment, and translation has been an active research component of the general research on semantic integration and interoperability. In this talk, we discuss types of heterogeneity between ontologies, classify methods for discovering mappings between both ontology concepts and data, and talk about various tasks where mappings are used.

More papers, projects, and links see http://www.ontologymatching.org/

Mashups: The new breed of Web app

From IBM developer works : New to XML

Mashups are an exciting genre of interactive Web applications that draw upon content retrieved from external data sources to create entirely new and innovative services. They are a hallmark of the second generation of Web applications informally known as Web 2.0. This introductory article explores what it means to be a mashup, the different classes of popular mashups constructed today, and the enabling technologies that mashup developers leverage to create their applications.
Additionally, you’ll see many of the emerging technical and social challenges that mashup developers face.

Introduction to Mashups see ttp://www-128.ibm.com/developerworks/xml/library/x-mashups.html

Free tutorial about “The ultimate mashup — Web services and the semantic Web” please go to http://www-128.ibm.com/developerworks/edu/x-dw-x-ultimashup1.html?ca=drs-

Teknologi Semantik Web: Trend dan Riset pada Sistem berbasis Ontologi

Ulasan buku: Semantic Web Technologies: Trends dan Research in ontologies-based systems

Web semantik mengkombinasikan bahasa-bahasa deskriptif RDF (Resource Description Framework) dan OWL (Web Ontology Language), dengan XML (eXtensible Mark-up Language) “customizable” data-center untuk menyediakan deskripsi-deksripsi konten dokumen-dokumen web. Deskripsi-deskripsi yang dapat diterjemahkan oleh mesin ini mengizinkan sistem software yang lebih cerdas untuk dikembangkan, pengotomatisasi analisis dan ekploitasi informasi berbasis web.

Agent-agen software akan mampu menghasilkan layanan baru yang berasal dari layanan sudah terpublish secara otomatis dengan implikasi-implikasi yang sangat potensial bagi model-model e-Business.

Buku ”Semantic Web Technologies” menyediakan sebuah gambaran komprehensif mengenai teknologi pengetahuan dan penelitian kunci semantik web. Penulis mnejelaskan generasi ontologi (semi-)automatis ontology generation dan ekstraksi metadata secara mendalam, berikut manajemen dan mediasi ontologi. Pada bab-bab berikut menjelaskan: bagaimana teknologi web semantic diterapkan pada knowledge management (“Semantic Information Access”) dan pada “next generation” Web services.

Buku Semantic Web Technologies, juga

• Menyediakan suatu eskposisi komprehensif mengenai state-of-the art pada penelitian dan teknologi kunci web semantik.
• Menjelaskan pemanfaatan ontologi dan metadata untuk mencapai interpreatabilitas-mesin “machine-interpretability”.
• Mendeskripsikan metode-metode bagi pembelajaran ontologi dan generasi metadata.
• Mendikusikan manajemen dan evolusi ontologi, termasuk juga deteksi dan propagasi perubahan ontologi, dependensi dan mediasi ontologi.
• Menjabarkan konsep teoritis melalui tiga studi kasus pada aplikasi-aplikasi industrial dalan library digital, sector legal dan industri telekomunikasi.

M4u b4c4 bukuny4 di http://paperwgdbis.abmutiara.info/tutorial/

Semantic Interoperability of Metadata and Information in unLike Environments (SIMILE)

SIMILE difokuskan pada pengembangan tools open source yang handal berbasis teknologi web semantik untuk meningkatkan Akses, Manajemen, dan “Reuse” dari berbagai Asset Digital.

SIMILE merupakan proyek kerjasama MIT Libraries dan MIT Computer Science and Artificial Intelligence Laboratory. SIMILE mencoba mengupayakan peningkatan interoperabilitas diantara digital assets, schemata/vocabularies/ontologies, metadata, dan services. Tantangan utamanya adalah bahwa koleksi-koleksi yang harus “inter-operasi” biasanya terdistribusi diantara penyimpanan (stores) individual, komunitas, dan institusi. Intinya, SIMILE akan menyediakan layanan-layanan “end-user” melalui gambaran di atas bagaiman assets, schemata/vocabularies/ontologies, dan metadata disimpan pada berbagai penyimpanan tersebut di atas.

SIMILE akan memperluas DSpace, menambah dukungannya bagi schemata dan metadata apapun, terutama melalui penenerapan RDF dan teknik-teknik web semantik. Proyek SIMILE juga bertujuan untuk mengimplementasi arsitektur dissiminasi asset digital berbasis standard-standard web. Arsitektur dissiminasi akan menyediakan provide suatu mekanisme penambahan “views” yang bermanfaat bagi artifikat digital tertentu (yaitu asset, schema, ata metadata instance), dan menyatukan views tsb. untuk layanan-layanan pemakai.

Proyek-Proyek dibawahnya:

• Babel , Exhibit, Fresnel, Gadget, HTTPTracer, Java Firefox Extension, Longwell, Piggy Bank, RDFizers, Referee, Solvent, Semantic Bank, Timeline, Welkin

Lain-lain:

• Papers, Articles and Reports
• Data Collection
• Ontologies Collection

ONTOLOGY: Bahasa dan Tools Prote’ge’

Tutorial Singkat (download disini)

2.1 Ontology

2.1.1 Definisi Ontology

Pengertian ontology sangat beragam dan berubah sesuai dengan berjalannya waktu, ada beberapa definisi ontology. Neches dan rekannya [9] memberikan definisi awal tentang ontology yaitu: “Sebuah ontology merupakan definisi dari pengertian dasar dan relasi vocabulari dari sebuah area sebagaimana aturan dari kombinasi istilah dan relasi untuk mendefinisikan vokabulari”.

Kemudian Gruber [5] memberikan definisi yang sering digunakan oleh beberapa orang, definisi tersebut adalah “Ontology merupakan sebuah spesifikasi eksplisit dari konseptualisme”. Berdasarkan definisi Gruber tersebut banyak orang yang mengemukakan definisi tentang ontology diantaranya Guarino dan Giaretta [6] yang pada tahun 1995 mengumpulkan hingga tujuh definisi yang berkoresponden dengan syntactic dan semantic interprestasi. Sedangkan pada tahun 1997, Borst [3] melakukan penambahan dari definisi Gruber dengan mengatakan “Sebuah ontology adalah spesifikasi formal dari sebuah konseptual yang diterima (share)”.

Detail (download disini)