Lebih detail (lihat halaman ini)
Molecular Dynamics
Metode molecular dinamis mengkomputasi phase spase trajectory dari suatu koleksi molekul yang secara individu mengikuti hukum klasik dari motion.
Simulasi awal dilakukan system dengan energi yang konstan. Maka property dikalkulasikan dengan microcanonical esembel, dimana N adalah jumlah partikel, V adalah volume dan E adalah energi konstan. Kadang-kadang T adalah temperature konstan.
Microcanonical Molecular-Dynamics adalah suatu algoritma dasar dari molecular dinamis dengan energi yang tetap. Point awal adalah Hamiltonian yang mendeskripsikan interaksi antara N partikel.
Secara analisis, solusi system dari persamaan differensial order kedua didapat dengan melakukan integrasi dua kali dari waktu 0 ke waktu t, untuk mendapatkan velocity dan posisi.
Simulasi komputer dari system molecular dapat dibagi menjadi 3 bagian, yaitu:
- Initialitation
Pada bagian ini, kondisi initial ditetapkan. Untuk memulai Algoritma dibutuhkan posisi dan velocity. Pada algoritma ini anggap saja initial posisi adalah lattice dan velocity diambil dari distibusi Boltzman.
- Equilibration
Equilibrium dapat dibangun jika system sudah ditetapkan untuk nilai energi kinetic dan energi potential tertentu.
- Production
Semua kuantitas dikomputasi bersama dengan trajectory dari system pada phase space.
Program diawali dengan pendeklarasian variable dan parameter yang digunakan dalam program. Lalu dilanjutkan dengan menyiapkan inisial konfigurasi .